Dadas as suas origens, a TRENMO valoriza e promove ligações a centros de investigação contribuindo para o desenvolvimento de conceitos inovadores e tecnológicos para os seus projectos, bem como a contínua actualização tecnológica dos seus colaboradores.

Actualmente, a TRENMO tem protocolos de colaboração com dois importantes centros de investigação nacionais na área dos transportes, CITTA-FEUP e DTEA-IDMEC-IST.

A ligação com o Centro de Investigação do Território Transportes e Ambiente (CITTA) da Faculdade de Engenharia do Porto (FEUP), existe desde a criação da TRENMO (fruto de um spin-off deste grupo de investigação), e representa uma importante e continua transferência de conhecimento e tecnologia.

A ligação à DTEA – Transportes, Energia e Ambiente, do Instituto de Engenharia Mecânica (IDMEC), pólo do Instituto Superior Técnico (IST), garante o reforço e actualização das competências da TRENMO no que se refere à área da Energia e Ambiente no sector dos transportes.